病的潜伏期一般为10—15天，大多数病人起病缓慢，开始多出现周身无力、不适、食欲差、腰酸背痛等类似感冒的症状，只有少数病人出现寒战、高热、血压下降、昏迷等急性症状。典型伤寒自然病程约4-5周，而不典型伤寒则病程长短不等，轻型1—2周可愈，重症患者症状重、并发症多，如不及时抢救，可能在1—2周内死亡。
一、典型伤寒
发病初期，会出现低热、周身不适、头痛、咽痛、咳嗽、恶心、食欲不振等症状。体温呈梯形上升，一周左右升至39--40℃。
由于持续2—3周的39-40℃的高热，病人极度虚弱，神情淡漠，反应迟钝。还可出现昏睡、精神错乱，腹痛、腹泻、便血、肝脾肿大、肝功能异常等表现。而对于高热的病人并不是脉搏加快反而是脉搏缓慢的情况，这种情况是伤寒病人特征性的表现，据统计约有30-40％患者出现相对缓脉。部分病人还会在前胸和上腹部出现2—5mm大小、红色的玫瑰疹，数目常不到20个，2-4天后消退，但可再发。
一般在发病的第3周，出现体温下降，则病情开始改善。第4周后体温渐恢复正常，症状和体征也随之消失，但全身状况的恢复约需1个月左右。
二、不典型伤寒
对于轻型伤寒，不仅病程短，一般1—2周就可痊愈，发病时症状也较轻，多不出现相对缓脉、肝脾肿大、玫瑰疹等特征性表现，此种情况多发生于曾预防接种者有部分免疫力的人及小孩；有些病人病情轻微，仍能坚持日常工作，往往因突发肠出血、肠穿孔时才发现患有伤寒；有些病人只出现长期发热，可持续数月，但却无明显腹痛、腹泻、肝脾肿大、脉缓的症状，此种情况多发生于免疫功能较低的人；重症患者则急骤高热、寒战、脉快、血压下降、精神错乱、昏迷、全身出血等。如不及时抢救则可能出现生命危险。
三、儿童伤寒的特点
儿童年龄越小，发病越不典型，轻病者多，一般发热不规律、多呕吐及腹泻，但中毒症状轻、无相对缓脉、玫瑰疹也较少见、脾大不明显，病程较短，易并发支气管炎和支气管肺炎，但较少发生肠出血和肠穿孔。婴儿伤寒则重症多，多起病急骤、高热、惊厥、腹胀、呕吐等，病死率较高。
四、老年伤寒特点
老年患者发病症状多不典型，体温不高，神经和心血管系统症状较严重，易并发支气管炎及心功能不全，病情恢复较慢，病死率高。
五、复发与再燃
复发是指本病的临床症状消失1—2周后又重出现，已转阴的血培养又呈阳性。而再燃则是指发病2—3周时，体温逐渐下降而尚未正常时重又升高，持续5-7天后方正常。此间血培养常阳性。这两种情况的发生与机体抵抗力下降有关。当抵抗力下降时，潜伏在胆囊、骨髓、肠系膜淋巴坏死中心或巨噬细胞内的伤寒杆菌又大量繁殖，再次侵入血循环而再次出现症状。
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